군인공제회 조직도는 이사회, 자산운용심의위원회, 리스크관리위원회, 투자심의위원회, 사업관리위원회, 감사로 구성되어 있습니다. 군인공제회 조직으로는 이사장 밑에 비서팀, 투자전략실에 투자전략팀, 법무실에 법무팀, 감사실에 감사팀, 기획조정실에 기획팀, 홍보팀, 성과관리팀, 관리부분으로는 경영지원본부에 회계팀, 인재개발팀, 운영관리팀, 회원사업본부에 회원관리팀, 회원마케팅팀, 공제사업팀, 금융경제교육지원단, 리스크관리본부에 리스크관리팀, 투자심사1팀, 투자심사2팀, 금융투자부문으로는 기업금융본부에 기업금융1팀, 기업금융2팀, 기업금융3팀, 증권운용본부에 주식운용팀, 채권운용팀, 건설투자부문으로는 부동산투자본부에 부동산투자1팀, 부동산투자2팀, 부동산투자3팀, 건설인프라본부에 회원주택사업팀, 건설인프라1팀, 건설인프라2팀이 있습니다. 산하법인체로는 직영사업소인 군인공제회C&C, 법인체인 엠플러스에프엔씨㈜, 공우이엔씨㈜, 대한토지신탁㈜, 한국캐피탈㈜, 엠플러스자산운용㈜가 있습니다.